因為這些活的物體都是放在培養皿(或培養瓶)中，所以需要倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡之間有很遠的距離，以便能夠直接在培養皿中觀察和研究物體。物鏡、聚光鏡和光源的位置因此都是顛倒的，所以被稱為“倒置顯微鏡”。反光顯微鏡多用于無色透明活體觀察，在反光顯微鏡的基礎上添加一套熒光附件：激光激發塊、熒光光源、熒光發光照明器、反光塊轉換裝置，可進行反光觀察。

　　反光熒光顯微鏡是近代發展起來的一種新型熒光顯微鏡，它以激發光為特征，由物鏡向下射至樣品表面，即以同一物鏡作為照明聚光器，以物鏡收集熒光。這條光路徑需要一個雙色光束分離器，它與光鈾呈45度。角部：將激發光反射到物鏡中，并將其聚集在樣品上，由物鏡鏡面、蓋玻片表面反射的激發光與樣品產生的熒光一起進入物鏡，反方向進入雙色光束分離器，將激發光與熒光分離，剩余的激光再被阻斷濾片吸收。

　　如果改用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片組合塞，可以滿足不同熒光反應產物的要求。這種熒光顯微鏡的優點是視野光照均勻，成像清晰，放大倍數越大熒光越強。

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